Почему после выбытия лекарственных препаратов можно вернуть только с типом "Ненадлежащего качества"? 

Надлежащее качество:

Возврат приобретенных лекарственных препаратов надлежащего качества в аптеку невозможен.

Роспотребнадзор поясняет, что возврат товара надлежащего качества возможен, если его нельзя обменять на аналогичный товар по причине его отсутствия в наличии (пункт 2 статьи 25 закона № 2300—1: «потребитель вправе обменять непродовольственный товар надлежащего качества на аналогичный товар у продавца, у которого этот товар был приобретен, если указанный товар не подошел по форме, габаритам, фасону, расцветке, размеру или комплектации»). 

Однако приобретенные лекарственные препараты не подлежат обмену в соответствии с постановлением Правительства РФ от 31.12.2020 г. № 2463.  

Таким образом, «возврат» лекарственного препарата является вариантом его «обмена», а обмен приобретенных лекарственных препаратов на данный момент запрещен.

При этом необходимо отметить, что пункт 2 той же статьи Закона № 2300-1, в котором отмечено, что «в случае, если аналогичный товар отсутствует в продаже на день обращения потребителя к продавцу, потребитель вправе отказаться от исполнения договора купли-продажи и потребовать возврата уплаченной за указанный товар денежной суммы. Требование потребителя о возврате уплаченной за указанный товар денежной суммы подлежит удовлетворению в течение трех дней со дня возврата указанного товара», связан с пунктом 1 и так же опирается на перечень исключений. 

Ненадлежащее качество:

Не допускается фиксация попытки повторного отпуска (реализации) лекарственных средств, признанных товаром ненадлежащего качества и возращенных гражданами.

Приобретение товара ненадлежащего качества, в том числе и лекарственные средства, дают полное право возвратить его и вернуть уплаченные деньги в соответствии со статьей 18 Закона «О защите прав потребителей». За дополнительными разъяснениями просьба обратиться к регулятору системы.

В случае, если препарат ненадлежащего качества, производится повторный ввод в оборот с помощью 391 схемы с типом reason_return - 2.
После повторного ввода в оборот лекарственного препарата ненадлежащего качества возврат поставщику или тому, кто вводил их в оборот, возможен с помощью операции 417. 417 схема может быть использована для любых товаров со статусом "Оборот приостановлен".

Примечание: Если до приостановки оборота в приемке участвовала схема 702, то возврат уже приостановленного препарата также возможно осуществить ею по всей цепочке движения.

Подробнее о схемах в документах: "Паспорта процессов", "Описание XSD-схем", образцы схем архивом.