На данный момент в обороте могут находиться ЛП с различными кодами маркировки, не соответствующими ППРФ 1556. Как при приемке товара сотрудник «на глаз» будет определять, нужно сканировать код с упаковки или нет?

Для маркировки лекарственных препаратов используется код Data-Matrix. В отличии от кода, выпущенного в рамках эксперимента, QR-кода и Штрих кода (EAN-13), код Data-Matrix имеет четырехсекционную структуру и содержит в себе информацию о коде маркировки с криптозащитой. Считывается устройством регистратора выбытия. Примеры кодов в статье.

Код DataMatrix, зарегистрированный в системе маркировки Честный знак для лекарственных препаратов, визуально разделен на 4 квадрата:

Пример:

Прочие коды DataMatrix обычно такого деления не имеют. Окончательно убедиться в том, что код зарегистрирован в системе маркировки, можно с помощью информационной системы участника оборота (ИС УО). В ППРФ 1556 от 14 декабря 2018 г. определены строгие правила структуры кода, которые ИС УО может сверить со структурой отсканированного при приемке кода.

Следовательно, процесс приемки должен быть построен так:
1. Сотрудник сканирует все коды, которые визуально похожи на изображение, приведенное выше. Вероятность того, что при этом все незарегистрированные в системе маркировки коды не будут отсканированы, приближается к 100%. Вероятности пропустить (не просканировать) код, зарегистрированный в системе маркировки, при этом нет.
2. Результат сканирования передается в ИС УО, которая не добавляет в документ, предназначенный для обработки в системе маркировки, те коды, структура которых не соответствует Постановлению.
3. Когда сканирование завершено, сотрудник нажимает в ИС УО кнопку «проверить коды».
4. ИС УО выполняет запрос статуса в системе маркировки для всех отсканированных кодов (это делается один раз для всей партии принимаемого товара) и выводит результат сотруднику. Он видит, какие коды есть в системе, каких нет. 
5. Сотрудник отправляет в систему маркировки сообщение о приемке товара только по тем кодам, которые зарегистрированы в системе.
Никаких проблем с таким порядком работы быть не должно. Время выполнения шагов 3 и 4, которые гарантируют защиту от ошибки, обычно не превышает 1 минуту.