Лекарственные препараты передаются от поставщика к грузополучателю, но при этом покупателем (кому переходит право собственности) является третье лицо. Как в данном случае регистрировать операции перемещения ЛП?

Вне зависимости от того, кто производит оплату за товар, применяются стандартные схемы передачи товара 415/416 между поставщиком и грузополучателем, то есть теми, кто физически взаимодействует с товаром. Операция передачи права собственности от грузополучателя к владельцу не регистрируется.

В сопроводительных документах отгрузки в качестве грузополучателя должен быть указан адрес, на который физически осуществляется приемка товара. В качестве плательщика указывается покупатель.

Подробнее о схемах в документах: "Паспорта процессов", "Описание XSD-схем",  образцы схем архивом.