При формировании документов 415/416 указывается НДС, кто его оплачивает?

В документе 415/416 указываются атрибуты (реквизиты документов, цены, НДС) именно поставщика. Если товар реализуется поставщиком с НДС, то он указывается в 415/416 операции. Рассчитывается автоматически с учетом ставки НДС поставщика. Сверять данные с учетными системами не требуется, т.к. этот атрибут используется исключительно для расчета допустимых надбавок на цену лекарственных препаратов (ЛП).

При подаче сведений в систему маркировки Честный знак для лекарственных препаратов необходимо указывать корректную цену ЛП.

В системе фиксируется фактическая стоимость единицы потребительской упаковки ЛП, которая должна соответствовать стоимости единицы потребительской упаковки ЛП, отраженной в сопроводительной документации. Для операции отгрузки/приёмки документом-основанием является накладная, соответственно, остальные сведения в данной операции должны так же соответствовать подтверждающему документу во избежание расхождений при проверке.

Таким образом, значение ставки НДС будет равняться значению из накладной поставщика.

При дальнейшей реализации товара и передаче соответствующих сведений в системе маркировки значение НДС может изменяться в зависимости от условий.

Прослеживаемость стоимости ЛП регулируется ФЗ-61, а также Постановлением Правительства РФ №1556.
 Контролирующими органами власти, которые осуществляют надзор за стоимостью лекарственных препаратов, являются Минздрав и Росздравнадзор. 

Грузополучатель всегда имеет право принять поставку. Система маркировки не запрещает осуществление приёмки поставки с некорректными ценами, однако, при этом ответственность за неверное отображение данных в стоимости ЛП ложится уже на принимающую сторону (грузополучателя). 

С порядком предоставления цен можно ознакомиться в методических рекомендациях в разделе 4.2.