В каких случаях использовать списание без передачи на уничтожение (552/13), а в каких с передачей на уничтожение (541->542)?

Рекомендуется воспользоваться наиболее подходящей операцией, соответствующей реальной ситуации.

— Если по решению владельца лекарственных препаратов (ЛП), решению Росздравнадзора в отношении этих ЛП они подлежат уничтожению, то необходимо использовать схемы 541->542. Владелец препаратов, подлежащих уничтожению, направляет в Росздравнадзор акты об уничтожении.
 Препараты передаются организации, осуществляющей уничтожение, при этом в схемах 541->542 указывается ИНН/КПП этой организации.

Примечания: 
Организация, которая занимается уничтожением ЛП, не является участником оборота и не производит регистрацию в системе маркировки Честный знак для лекарственных препаратов.
 Если у владельца ЛП имеется лицензия на уничтожение, то допустимо использовать схемы с указанием своего ИНН/ККП.
 
 — Если препараты не будут уничтожены, то необходимо использовать схему 552 с указанием withdrawal_type (тип вывода из оборота) 13 – списание без передачи на уничтожение.

Подробнее о схемах в документах: "Паспорта процессов", "Описание XSD-схем", образцы схем архивом.