Что делать с маркированным товаром в случае полного уничтожения МД (аптечного пункта) в результате пожара/наводнения/торнадо, если склад маркированного товара уничтожен, регистратор выбытия уничтожен?

Если информацию с упаковок нельзя прочитать, то выбытие производится с помощью 552 документа с типом 13 - "списание без передачи на уничтожение".

Способы загрузки документов в систему описаны в статье.

Подробнее о схемах в документах: "Паспорта процессов", "Описание XSD-схем", образцы схем архивом.
В разделе Видеоинструкции Честного сообщества собраны видеоуроки по процессам системы маркировки.