Допускается ли отпуск первичных упаковок в случае, если маркировка нанесена на вторичную? 

В соответствии с пунктом 14 Приказа №1093 допускается отпуск первичных упаковок лекарственного препарата (ЛП).
При этом первичная упаковка должна отвечать требованиям статьи 46 ФЗ-61, регулирующей маркировку упаковки в части нанесения на нее обязательной информации:

- наименования лекарственного препарата (международное непатентованное, или группировочное, или химическое, или торговое наименование),
- номера серии,
- даты выпуска (для иммунобиологических лекарственных препаратов),
- срока годности,
- дозировки или концентрации,
- объема,
- активности в единицах действия или количества доз.
 
Обязательность нанесения средств идентификации в виде кода DataMatrix регулируется статьей 67 ФЗ-61, не указанной в приказе №1093.
Таким образом, возможность отпуска ЛП в разукомплектованной упаковке (первичной) без нанесения на нее кода DataMatrix сохранена. 
Возможные действия с разукомплектованной упаковкой подробно описаны в статье.