При отборе образцов с какого момента отсчитывать срок в 5 дней, в течение которых необходимо загрузить 552 отчёт в системе маркировки Честный знак для лекарственных препаратов?

Для ввозимых препаратов операция по отбору образцов может регистрироваться в системе сразу после 335 операции (нет необходимости ожидания операции №341 и №342). Это учтено в статусной модели.
С упаковкой товара процедура не связана по срокам. 

Согласно пункту 46 из Постановления Правительства №1556 субъект обращения  лекарственных средств подает сведения о выводе из оборота в течение 5 рабочих дней с даты соответствующей операции или с даты приемки лекарственных препаратов на фармацевтический склад (при выводе из оборота лекарственных препаратов в зоне таможенного контроля).

Таким образом, отсчет срока начинается с момента отгрузки участником препаратов из зоны таможенного контроля и оформления участником операции №341.
Никаких нарушений в таком порядке отчетности нет.