После частичной приемки отгрузки нет возможности допринять оставшийся товар из этого же документа

Согласно подпункту «в» пункта 14 ППРФ от 11.08.2016 N 787 участники оборота товаров, получающие товары от других участников оборота товаров в результате сделок, предусматривающих переход права собственности, представляют в ИР Маркировки сведения о принятом товаре в течение 3 рабочих дней с даты получения товара, но до предложения этих товаров для реализации (продажи).

Таким образом, на основе документа отгрузки необходимо принять или отказать в приемке по каждому товару в рамках одного документа приемки.

В случае же, если какие-то товары были отказаны в приемке, но фактически они были доставлены, то необходимо создать новый документ «Отгрузка» отправителем (с тем же номерами первичного документа и датой отгрузки) с указанием тех контрольных идентификационных знаков (КиЗ), которые были отказаны в приемке в первоначальном документе.

Инструкция, описывающая пошаговые действия по передаче/приемке контрольных идентификационных знаков: Передача товара (отгрузка и приемка), размещена на сайте честныйзнак.рф и в разделе «Помощь» личного кабинета «ИР Маркировки».