Подключение к маркировке

Доброго дня ! У меня такой вопрос. ООО имеет 2 ЭЦП. 1 ЭЦП зарегистрирована в ЧЗ , но подпись предназначена для сдачи отчетности. Вторая ЭЦП -это для работы с ЕГАИС. Зарегистрировали первую подпись в ЧЗ (маркировка пива) . А также она зарегистрирована в ЭДО. И тут возник вопрос. А насколько правильно мы это сделали? Может надо было вторую подпись регистрировать? Но она только для ЕГАИС вроде... А как тогда система увидит и будет выводить пиво из оборота?  Слегка подзапутались..